案情简介：

近期，税务机关在实施中等风险应对时发现，某建设集团有限公司（以下简称A公司）2012年9月与某房地产公司（以下简称B公司）签订建筑工程合同，建设某小区一期工程，工程总价款71561598元，合同约定工程竣工并通过验收后3日内支付全部工程款。工程于2014年7月底竣工，2014年8月办理了竣工验收手续。

经核查，竣工验收时，A公司已经累计收到B公司支付工程款40093118元，同时开具建筑发票，并按规定申报缴纳了营业税等相关税收，但核查人员发现企业没有按照合同约定全额开票纳税，造成少缴营业税及附加。

该单位财务负责人认为：A公司在该工程合同竣工时，建设单位总共支付了40093118元工程款，施工单位每收取一笔工程款都是按规定到税务机关开票纳税的，不存在少缴税款的问题，对于合同约定付款但未实际收到的工程款，A公司不应当提前开票纳税。

税法分析：

《营业税暂行条例》（以下简称《条例》）第十二条规定：营业税纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。国务院财政、税务主管部门另有规定的，从其规定。

《营业税暂行条例实施细则》第二十四条规定：《条例》第十二条所称收讫营业收入款项，是指纳税人应税行为发生过程中或者完成后收取的款项。《条例》第十二条所称取得索取营业收入款项凭据的当天，为书面合同确定的付款日期的当天；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。

根据上述规定，从事建筑安装工程业务，如果双方签订合同中明确付款期限的，则以合同约定的付款期限为营业税纳税义务发生时间；如果合同未约定的，则以应税行为完成的当天为纳税义务发生时间。

实际经营过程中，建设方是否按合同约定付款、实际付多少工程款不是营业税纳税义务发生的前提条件。

本案中，A公司和B公司签订建筑工程承包合同，合同中明确约定：工程竣工通过验收后3日内支付全部工程款（71561598元），根据营业税政策规定在工程竣工通过验收3日后，该工程全部建筑营业税的纳税义务已发生。

因此，本案中，A公司应当补申报缴纳31468480元（71561598元-40093118元）工程款应纳的营业税及附加。