甲公司财务人员依据《企业会计准则》的规定，对该长期股权投资采用权益法核算，账面价值包含两部分：

    一部分是初始投资成本，该项初始投资成本等于投资时应享有L公司可辨认净资产公允价值份额；

    另一部分是按照应享有L公司实现的净损益的份额，确认投资损益并调整该投资的账面价值。但依据《企业所得税法实施条例》第七十一条规定，企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。

   投资资产按照以下方法确定成本：

（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；

（二）通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本，该项投资的计税基础仅指购买价款，不包含该投资的损益调整部分。

    《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）对股权转让进一步明确，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。因此，甲公司的股权转让所得应为：180－139=41（万元）。