为保证增值税期末留抵退税政策有效落实，近日财政部和税务总局联合出台《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号，以下简称80号文），就留抵退税涉及的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加问题予以明确。通知称：自该通知发布之日起，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。

笔者注意到，早在2017年2月24日，财政部和国家税务总局也曾出台过类似规定，《关于集成电路企业增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2017〕17号）明确：自该通知发布之日起，享受增值税期末留抵退税政策的集成电路企业，其退还的增值税期末留抵税额，应在城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中予以扣除。

实际上，根据现行有关规定，城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加均以纳税人实际缴纳的消费税、增值税税额为计税（征）依据。因此，笔者起初认为，期末留抵税额退税，对实际应缴纳的增值税税额即城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加计税（征）依据的计算结果有影响，但是得出其计税（征）依据的计算结果后，还要从中扣除已退还的增值税留抵税额作为其实际的计税（征）依据不理解。经过与群友的探讨，发现了一个容易疏忽的“秘密”：期末留抵退税后，相应增加了后期的“应纳税额”。但是这部分“应纳税额”是退还留抵税额引起的，并不是真正意义上的应纳税额。因此，通知允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税留抵税额，是有道理的。

例子：

某生物医药制造企业为成立于2016年1月，当月被认定为增值税一般纳税人。城市维护建设税税率为7%，教育费附加率为3%，地方教育附加率为2%。该企业2017年底期末留抵税额为1500万元，2018年7月期末留抵税额为1600万元，假如其增值税扣税凭证全部为增值税专用发票。由于2018年7月期末留抵税额1600万元大于2017年底期末留抵税额1500万元，因此当期可退还的期末留抵税额为2017年底期末留抵税额1500万元。假如该企业8月的销项税额为700万元，取得经认证可抵扣的增值税进项税额为550万元，则8月份应纳增值税税额=700—550—100=50（万元）；又由于上期退还留抵税额1500万元，则本期应纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据=50—1500=-1450（万元）,计算结果是负数，其实际计税（征）依据为0。