因企业纳税义务发生期间跨多个年度，适用税率发生变化，应分不同的所属期间分别计算补缴税款。

　　首先，企业在2005年~ 2008年12月31日之前发生的煤炭销售行为，补缴增值税时的适用税率应根据《财政部、国家税务总局关于调整金属矿、非金属矿采选产品增值税税率的通知》（财税字[94]第022号）第一条的规定，从1994年5月1日起，金属矿采选产品，非金属矿采选产品增值税税率由17%调整为13%.该文件规定，煤炭，是指直接从地下开采出来的原煤和经洗选、精选工序生产的洗煤、选煤。在开采、洗选、运输过程中产生的落地煤、石煤、手拣煤、风化煤、煤泥等，也属“煤炭”的征收范围。同时，根据《增值税暂行条例》第十二条的规定，小规模纳税人销售货物或者应税劳务的征收率为6%.

　　其次，企业在2009年以后发生的煤炭销售行为，补缴增值税的适用税率应根据《财政部、国家税务总局关于金属矿非金属矿采选产品增值税税率的通知》（财税[2008]171号）规定，自2009年1月1日起，金属矿采选产品、非金属矿采选产品增值税税率由13%恢复到17%.该文件所称金属矿采选产品，包括黑色和有色金属矿采选产品；非金属矿采选产品，包括除金属矿采选产品以外的非金属矿采选产品、煤炭和盐。同时，根据《增值税暂行条例》第十二条规定，自2009年1月1日起，小规模纳税人增值税征收率为3%。

　　在以上两个纳税所属期内分别又有两个不同的适用税率，究竟企业应按照哪一个适用税率或征收率计算补缴税款呢？税务人员告诉财务人员，依照政策规定，企业纳税人的主体资格不同，其所适用的税率或征收率也有所不同，因企业一直没有正式办理税务登记，还需要对企业纳税的主体资格进行认定，区分不同情况按适用税率或征收率进行核算纳税。一、根据《国家税务总局关于印发增值税一般纳税人申请认定办法的通知》（国税发[1994]59号）规定，一般纳税人是指年应征增值税销售额（以下简称年应税销售额，包括一个公历年度内的全部应税销售额），超过财政部规定的小规模纳税人标准的企业和企业性单位。财政部规定的年应税销售额标准为：从事货物生产或提供应税劳务的纳税人，以及从事货物生产或提供应税劳务为主，兼营货物批发或零售的纳税人，年应税销售额在100万元以上的企业和企业性单位。该通知第四条同时规定，对符合一般纳税人条件但不申请办理一般纳税人认定手续的纳税人，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。税务人员解释说，从企业开业到2009年1月1日前的每个纳税年度内，如果企业应税销售额达到100万元以上的，从次年的1月份开始应按增值税一般纳税人适用税率13%计算补缴增值税。如果达不到应税销售额标准，则按照小规模纳税人适用征收率6%计算补缴税款。二、根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人认定有关问题的通知》（国税函[2008]1079号）规定，新修订的《增值税暂行条例实施细则》降低了小规模纳税人标准（以下称新标准），自2009年1月1日起实施。该文件规定，2008年应税销售额超过新标准的小规模纳税人向主管税务机关申请一般纳税人资格认定的，主管税务机关应按照现行规定为其办理一般纳税人认定手续。2009年应税销售额超过新标准的小规模纳税人，应当按照《增值税暂行条例》及其实施细则的有关规定向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。未申请办理一般纳税人认定手续的，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。依照《增值税暂行条例实施细则》第二十八条规定，生产型企业的小规模纳税人新标准为50万元以下（含本数），依据新的一般纳税人认定标准，该企业如果在2009年度应税销售额达到50万元以上的，则按照17%的适用税率计算补缴税款，如果达不到新的认定标准，则按照3%的征收率计算补缴税款。

　　因此，该企业应对照上述规定，根据不同情形依照不同时期的适用税率或征收率计算应补缴的增值税税款。同时，根据有关规定缴纳相应的滞纳金。