【基本案情】
     某房地产开发有限公司（以下称甲公司）与某投资咨询有限公司（以下称乙公司）合作开发一房地产项目，项目名称为“玫瑰花园”。

（一）合作协议内容
     玫瑰花园项目是甲公司与乙公司协议合作开发的一个房地产项目。甲乙双方先后签订了两份协议：《玫瑰花园项目合作开发协议书》（简称合作开发协议）和《玫瑰花园房产分配补充协议》（简称补充协议）。

甲公司（甲方）与乙公司（乙方）于2010年3月13日签订了合作开发协议，约定的相关内容为：“甲方提供45.5亩土地，享有25%建筑面积的销售权及其收入，并交纳其税费；乙方投入开发建设资金，享有75%建筑面积的销售权及其收入，并交纳其税费”。“为了便于操作，该款土地使用证仍使用甲方的名字”。“乙同意以甲方的名义申报办理本项目的规划、勘察、设计、报建、消防等手续。在乙方投入资金并开始建设后，不能认为使用甲方名义办理项目有关手续就视为甲方独立拥有该项目，而应视为甲乙双方共同拥有该项目”。“双方不能将该项目转让给第三方”。“项目部作为独立的会计主体封闭核算。项目部以甲方名义设立资金共管账户，乙方资金按照开发进度分期转入共管账户，所有与该地块有关的成本费用均通过共管账户支付，与该地块有关的全部房屋销售价款均汇入共管账户”。“甲公司玫瑰花园项目经理部及其下设的工程部、销售部、财务部、法务部、办公室等五个部门均由乙方管理，乙方派遣管理人员的薪酬由乙方承担。”

甲公司与乙公司于2010年12月19日签订了补充协议，主要约定了25%和75%建筑面积的具体分配方案，具体到每一套房的归属。同时，约定乙方分得的75%建筑面积的房产委托甲方出售，统一以甲方名义办理房屋预售证，从事销售活动，进行财务结算，交纳税费。乙方分得75%建筑面积商品房的销售价款扣除乙方投入资金、乙方应承担税费后的净额归乙方所有。乙方应承担的税费及计算方法：按75%建筑面积实际销售收入计算营业税及附加、印花税，按销售收入比例分摊该项目应纳土地增值税。

（二）实际调查操作情况
     地税部门于2014年8月对甲公司实际调查情况如下：根据玫瑰花园项目经理部的售房、财务等资料，包括玫瑰一区项目经理部记账凭证、项目经理部售房表、项目部预收账款明细分类账、预收款记账凭证、项目经理部2014年二季度损益表等资料表明，双方严格按照合作开发协议的约定进行操作，即项目由乙公司派遣人员实际运作，项目经理部下设财务部将其收到的预售房收入，按房产分配协议所列，凡归属甲方的房产，预售房款记为“预收账款——甲公司”，凡归属乙方的房产，预售房款记为“预收账款——乙公司”。双方售房应交税款分别计提后划给甲公司申报交税。2012年度、2013年度的财务核算均由项目经理部下设财务部进行，没有与甲公司并账并表，2014年第二季度甲公司对项目经理部的账目进行了并表处理。

双方在实际建房、售房过程中，该项目的土地使用权证、建设用地规划许可证、建筑工程施工许可证、房产预售证、房屋所有权证均按协议的约定办理在甲公司名下，没有将土地使用权、房屋所有权过户到乙方，房屋销售合同均由甲方与购房人签署，房屋销售发票由甲方开具给购房人。

截至2014年6月，该项目已全部销售完毕。竣工决算，该项目土地成本1000万元，已发生的允许扣除的开发成本13000万元。甲方分得25%的建筑面积，取得销售收入6000万元；乙方分得75%的建筑面积，取得销售收入17800万元。乙方在本项目中投入的工程总造价为12000万元，建筑业发票抬头均开给甲方。该项目全部销售收入均以甲方名义申报缴纳了营业税及附加、印花税，并按规定的预征率预缴了土地增值税，土地增值税尚未清算。甲、乙双方正在结算期间。

【争议焦点】
     由于甲乙双方结算收益分配涉及到税费计算问题，税务机关的意见成了结算的关键。
     （一）营业税
     关于甲方与乙方合作开发玫瑰花园项目，是否适用《营业税问题解答（之一）》（国税函发[1995]156号）第十七条第一款规定的合作建房营业税政策，税务机关内部存在两种处理意见：

第一种意见：从产权的实际占有情况看，甲方实际以75%的土地使用权为代价，换取了25%房屋的销售权和收益权；乙方以出资建设房屋25%的建筑面积的销售权和收益权为代价，实际换取了自己所拥有销售权和收益权的75%的房屋所对应的75%的土地的实际使用权。结果是双方都事实上拥有了部分房屋的销售权、收益权。这个销售权和收益权再加上协议中对所建房屋约定的排他性条款，体现了双方事实上的占有权。双方约定并实际履行协议后各自享有的房屋销售权和收益权体现了各方事实上对房屋的处分权和收益权。合作过程前后的土地和房屋实际占有权利的变化情况表明：地和房事实上发生了有偿交换。因此，双方的合作开发行为应适用国税函发[1995]156号文，即对甲方出土地应按转让“无形资产——土地使用权”缴纳营业税，对乙方以房换地应征收销售不动产的营业税。

第二种意见：从法律产权手续看，双方在实际建房、售房过程中，没有将土地由甲方过户到乙方，房屋所有权也没有过户到乙方，土地使用权和房屋所有权一直都在甲方名下。房屋销售合同也是甲方和购房者签订，发票由甲方开具给购房者，房屋所有权也由甲方直接过户给购房者。由此可见，乙方并不拥有土地使用权，相应也没有房屋的所有权。因为根据现行法律规定，能够拥有新建房屋所有权的单位，必须是拥有土地使用权的房屋开发者，而乙方并不拥有土地使用权，也不是项目的立项人。既然乙方不拥有房屋的所有权，也不存在乙方以其拥有的部分房屋所有权与甲方交换部分土地使用权的行为，因此不符合国税函发[1995]156号文第十七条第一款关于“合作建房第一种方式是纯粹的‘以物易物’，即双方以各自拥有的土地使用权和房屋所有权相互交换”的规定，因此，其行为不属于合作建房行为，不适用合作建房的征税规定。

（二）土地增值税
     关于乙方是否为土地增值税纳税人，存在两种意见：

第一种意见：甲方、乙方双方分别拥有25%、75%建筑面积的房产，因此甲方、乙方均是土地增值税纳税人，土地增值税应由甲、乙双方分别缴纳。

第二种意见：房产所有权全部归甲方所有，甲方是唯一的土地增值税纳税人，该项目土地增值税全部由甲方缴纳。至于双方结算收益分配时，土地增值税如何分摊是甲、乙公司内部结算事宜，税务机关不予干涉。

（三）企业所得税
     甲方支付给乙方的收益，乙方是否向甲方出具发票，甲方在计算土地增值税、企业所得税时能否在在税前扣除，也存在两种意见：

第一种意见：乙方不是甲方股东，且双方约定乙方承担的税费仅限于营业税及附加、印花税和土地增值税，说明双方约定在税前分配利润，企业所得税由各自缴纳，因此乙方应向甲方提供发票，甲方在计算企业所得税时允许在税前扣除。

第二种意见：《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第三十六条规定，企业以本企业为主体联合其他企业、单位、个人合作或合资开发房地产项目，且该项目未成立独立法人公司的，凡开发合同或协议中约定分配项目利润的，企业应将该项目形成的营业利润额并入当期应纳税所得额统一申报缴纳企业所得税，不得在税前分配该项目的利润。同时不能因接受投资方投资额而在成本中摊销或在税前扣除相关的利息支出。投资方取得该项目的营业利润应视同股息、红利进行相关的税务处理。

根据上述规定，乙方取得的分配直接作投资收益处理，视同股息分配，免征企业所得税，乙方无需向甲方开具税务发票，甲方支付给乙方的收益只能通过“利润分配——未分配利润”科目核算。