争议一：是在项目所在地纳税还是汇总纳税？

　　《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号，以下简称28号文件）对跨地区经营的企业汇总缴纳企业所得税进行了明确。但随后的《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2008]221号，以下简称221号文件）又规定：“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。”一些地方政府据此向建筑业的分公司和项目部征收企业所得税。

　　建筑业与其他行业不同，流动性是它最大的特点，大中型建筑企业必须跨地区经营才能生存下去。而且由于工程施工必须要有一定资质，所以很多项目只能以总机构的名义才能进行。笔者建议，应在法人所得税的框架下制定专门的《建筑业企业所得税管理办法》，以此来规范建筑业企业所得税的征缴工作。

　　争议二：《外管证》到底由哪个税务机关出具？

　　今年国家税务总局发布的《关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号，以下简称156号文件）规定，跨地区经营的项目部（包括二级以下分支机构管理的项目部）应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》（以下简称《外管证》）。而《税务登记管理办法》（国家税务总局令第7号）第三十二条规定，纳税人到外县（市）临时从事生产经营活动的，应当在外出生产经营以前，持税务登记证向主管税务机关申请开具《外管证》。

　　目前二级分支机构外出经营大都由分支机构主管税务机关出具《外管证》，营业税相关规定也是如此。今年开始，二级机构外出经营要在主管税务机关和总机构所在地主管税务机关开出两个以上的《外管证》（总机构国地税、二级机构国地税）。那么，到项目所在地报验到底用哪个才行？到国税报验还是到地税报验？或两个税务局都要报验？总机构、二级及以下分支机构、项目部以及三地的主管税务机关都很困惑。

　　笔者认为，解决此争议还应按照《税务登记管理办法》的规定处理，由二级机构及以下分支机构主管税务机关开出一个《外管证》，到项目所在地有税收管辖权的主管税务机关报验即可。

　　争议三：总机构税务机关该不该退税？

　　156号文件规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。既然规定了企业预分所得税，就应有畅通的退税渠道。而在目前形势下，向没有得到税收的总机构地方政府和主管税务机关申请退税，是不容易被总机构管理部门所能接受的，总机构的退税申请往往被搁置。

　　对此问题，《安徽省国税局省地税局转发国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（皖国税发[2010]129号）规定：“省内跨市、县经营建筑企业汇总计算的年度实际利润额为负数，但存在总机构直接管理的跨市、县设立的项目部预缴企业所得税款入库的，项目部所在地主管税务机关，应使用企业预缴税款的原预算科目和预算级次及时办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度的预缴税款。”项目部所在地主管税务机关征的税由项目部所在地主管税务机关退税，这一规定比较合理，可以借鉴，也是未来解决此争议的途径。

　　争议四：39号文件到底从何时开始执行？

　　《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号，以下简称39号文件）出台后，一些企业和地区理解为：2008年度及2009年度建筑企业跨地区经营的企业所得税征管问题，应该按照39号文件的相关规定执行。

　　而在2009年4月24日国家税务总局网站的在线访谈中，国家税务总局所得税司有关负责人的解释是：“建筑企业外出经营缴纳企业所得税问题比较复杂，在新企业所得税法框架下，我们正在对这一问题抓紧进行研究和明确。在新的征管规定正式出台之前，仍按照《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发[1995]227号）的规定执行。”而按227号文件规定，对项目部所在地主管税务机关征收的所得税要按要求退还纳税人，这让项目所在地政府很难接受。况且39号文件规定向前追溯两年，项目所在地政府财政压力过大。

　　2008年度和2009年度由于政策不明，企业已经在项目地缴纳了一定的所得税。笔者建议，为了减少矛盾，应允许在总机构抵扣全部或抵扣外地项目部收入对应的那一部分所得税，才是最符合实际的解决办法。这也是大多省市的实际做法。

　　争议五：分包业务如何纳税？

　　《营业税暂行条例》（国务院令第540号）规定，纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额；企业会计核算上一般是将分包工程视为与本企业生产经营无关业务，通过往来科目核算，分包发生的收支均不计入本公司的收入和成本。核定征收所得税应以企业实际取得的，即扣除分包后的收入计算。那么，核定征收建筑企业发生分包业务，核定征收的计税收入如何确定？在实际操作中，有的税务机关按全部收入计算，有的按扣除分包工程款后，以实际取得的收入额计算。

　　解决此争议，辽宁省地税局发布的《关于印发企业所得税若干业务问题的通知》（辽地税发[2010]3号）规定，核定征收企业取得的与生产经营无关的收入按此规定处理，“纳税人取得的非主营业务经营活动收入，扣除相关成本及税费后，其余额并入应纳税所得额，计征企业所得税。相关成本无法查实或核实的，按非主营业务经营活动收入乘以应税所得率后并入应纳税所得额，计征企业所得税”。这一规定可作为参考。