实际上，在新企业所得税法实施以前，国家税务总局针对建筑企业所得税纳税地点的问题就专门下文进行过明确。国家税务总局1995年出台了国税发[1995]227号《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》，明确了建筑企业的纳税地点问题，即建筑安装企业离开工商登记注册地或经营管理所在地（以下简称所在地）到本县（区）以外地区施工的，应向其所在地的主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明（以下简称外出经营证），其经营所得，由所在地主管税务机关一并计征所得税。否则，其经营所得由企业项目施工地（以下简称施工地）主管税务机关就地征收所得税。也就是说，建筑企业异地施工，持有外出经营活动税收管理证明（以下简称外经证）的，企业所得税回机构所在地缴纳。无外经证的，在施工地就地缴纳企业所得税。

　　但是，由于各地对于税源的争夺，这一规定在实践中一直没有得到有效的执行。对于建筑企业所得税纳税地点的问题，国家税务总局在新企业所得税法实施后曾下发过一个《建筑企业所得税征收管理问题的通知》（征求意见稿）。意见稿中对于建筑企业的纳税地点和缴税方式主要有两层意思：一是实行总分支机构的建筑企业，按总分支机构汇总纳税有关规定执行；二是不实行总分机构体制，由建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目经理部，应按项目实际经营收入的0.5%按月或按季（随同营业税）由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目管理部向主管税务机关缴纳。对于该意见，当地有很多施工项目的地区比较欢迎。而对于拥有很多建筑企业的地区则会面临很大的税款流失。比如我国有些地区就是有名的建筑之乡，当地有很多大型建筑企业，但这些企业基本是在该地区以外的全国各地进行施工。如果这些企业都在施工地预缴部分企业所得税的话，这些地区的由此将损失大量的税收。

　　为进一步规范建筑企业所得税纳税地点，保障纳税人的合法权益，维护正常有序的税收征纳秩序，国家税务总局于2010年1月26日专门下发了《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号），规范了建筑企业所得税的征管。从文件规定来看，总局新的文件基本否定了当时征求意见稿的意见。

　　第一：实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发[2008]28号文件规定，按照统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的办法计算缴纳企业所得税。

　　这里实际上是将建筑企业跨地区经营分为实行总、分支机构体制和不实行总、机构体制两种情况，分别规定建筑企业所得税的税收征管问题。

　　如果建筑企业跨地区经营，不实行总、分机构体制的，即施工合同由总机构直接和建设单位签订，由总机构直接以自己名义来项目所在地进行施工的，如果总机构能向项目所在地税务机关提供以其名义签订的合同、外出经营活动税收管理证明、机构所在地主管税务机关提供的纳税证明及相应身份证明的，其企业所得税应回其机构所在地纳税。

　　如果建筑企业跨地区经营，实行总、分机构体制的，应根据国税发[2008]28号文件规定，分支机构应在项目所在地按月或按季预缴企业所得税。但是，根据国税发[2008]28号文件规定，新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。当然，尽管有这个文件的规定，各地税务机关对于实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业在企业所得税的具体征管方法上可能还会有所差异。有些地方在文件下发后在开票环节就不再预征企业所得税，而是严格要求分支机构按规定预缴企业所得税。有些地方从强化管理的角度考虑，可能在开票环节仍实行按一个固定比例预征企业所得税，但是在年度终了，会根据分支机构提供的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》进行结算，多退少补。这个，企业应关注当地的相关规定。但是，企业必须要牢记一点的是，无论当地实行哪种管理模式，分支机构在当地预缴的企业所得税不能超过按国税发[2008]28号文的规定应在当地预缴的企业所得税数额，否则总机构应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额从分支机构的预缴数中扣减。即分支机构在当地多预缴的企业所得税，在总机构办理企业所得税年度汇算清缴时，不能作为已缴税款而减少总机构应在其所在地税务机关应缴纳的企业所得税，而影响到总机构所在地的税收权益。

　　这里，还需要注意的是，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。

　　也就是说，实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业需要就地预缴企业所得税的，仅限于其设立的具有主体生产经营职能的二级分支机构。三级及其以下分支机构不需要就地预缴企业所得税。

　　对于符合条件的二级分支机构，国税函[2009]221号《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》又给予了进一步明确：二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。

　　由于施工资质等各种原因，建筑业中的挂靠经营非常普遍。有些建筑企业跨地区经营设立的分支机构，在财务、业务、人员等方面都合总机构无直接联系，仅仅是某些企业和个人为了获得施工资质，借有资质建筑企业之名设立的。因此，这些不符合条件的二级分支机构，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。

　　第二：建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。

　　由于符合条件的二级分支机构必须是领取非法人营业执照的分支机构，因此建筑企业跨地区经营，从管理角度考虑设立的项目经理部、工程指挥部或合同段，都不符合二级分支机构的条件。因此，如果这些项目经理部是总机构直接设立的，则汇总到总机构缴纳企业所得税，不需要在当地预缴。如果这些项目经理部是符合条件的二级分支机构设立的，则并入二级分支机构，由二级分支机构统一预缴企业所得税。

　　第三：文件重申了税收执法纪律，各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。