进出保税港区的贷物直接涉及的税种主要包括：关税、进口环节税（海关代征进口增值税）及出口退（免）税，除此之外还包括一些其他方面的税收政策。

　　一、关税与进口环节税

　　1、除法律、行政法规另有规定外，从境外，区外进入区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品，海关免征进口关税和进口环节海关代征税。

　　2、从境外，区外进入区内，供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，海关按照有关规定征收进口关税和进口环节海关代征税。

　　3、从保税港区运往境外的货物免征出口关税，但法律、行政法规另有规定的除外。

　　4、海关对于保税港区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间往来的货物，实行保税监管，不征收进出口环节的有关税收。

　　二、出口退（免）税

　　进口保税港区的货物，无论是从区内到境外，还是区外到区内或者是区内到区外的出口退（免）税政策，应参照《国家税务总局关于洋山保税港区等海关监管特殊区域有关税收问题的通知》（国税函［2006］1226号）执行。该文件规定：“洋山保税港区（简称港区）和珠澳跨境工业区珠海园区（简称园区）享受出口加工区的税收政策，即国内货物进入港区或园区视同出口，实行退税，港区或园区内企业的货物交易不征收增值税、消费税。具体政策比照《国家税务总局关于印发（出口加工区税收管理暂行办法）的通知》（国税发[2000]155号）和《国家税务总局关于出口加工区耗用水、电、气准予退税的通知》（国税发[2002]116号）、《国家税务总局关于芜湖出口加工区基建物资出口退税的批复》（国税函[2004]805号）的有关规定执行。”由此可以看出，保税港区享受保税区、保税物流园区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策。主要包括：

　　1、境外货物物进入港区实行保税。

　　2、区外的国内货物进入港区视同出口，对符合退（免）税条件的货物实行退（免）税。如，区外企业销售给区内企业，并运入供区内企业使用的国产设备、原材料、零部件、元器件、包装物料、以及建造基础设施，区内企业和行政管理部门生产、办公用房的基建物资（不包括水、电、气）等。区外企业可凭海关签发的出口货物报关单（出口退税专用）和其他现行规定的出口退税赁证，向国税机关申报办理退（免）税。对区外企业销售并运入区内的货物（不包括水、电、气），一律开具出口销售发票，不得开具增值税专用发票或普通发票。

　　3、区内企业生产出口货物所耗用的水、电、气，准予退还所含的增值税。区外企业销售并输入给区内企业的水、电、气，一律向区内企业开具增值税专用发票，不得开具普通发票或出口专用发票。区内企业凭此依据向国税机关申报办理退（免）税。
应退税额=增值税专用发票注明的进项金额×退税税率（现行）

　　如供应单位按简易办法征收增值税的，退税率为征收率。

　　区内企业从区外购进的水、电、气，凡用于出租、出让厂房的，不预办理退税。已办理退税的，区内企业应在出租、出让行为发生的次月，向主管出口退税的国税机关申报并缴纳已退还的税款。

　　4、区外企业销售给区内企业、行政管理部门并运入区内供其使用的生活消费用品、交通运输工具，或者区外企业从境外进口再运入港区内的货物，海关不予签发出口货物报关单（出口退税专用），国税机关不予办理退（免）税。

　　5、区内企业委托区外企业进行产品加工，一律不予退（免）税。但对区内企业检测、维修完毕运回的机器、设备、模具和办公用品等，有更换新零物、配件或者附件需要退税的，可以凭海关签发出口货物报关单证明联等其他资料向国税部门申报退（免）税。

　　6、区内货物进入国内销售，按货物进口的有关规定办理报关，并对报关的货物征收增值税、消费税；如区外的出口企业开展加工贸易，若进口料件是从区内企业购进的，可按现行的进料加工和来料加工税收政策执行。

　　7、区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税，对区内企业在区内加工、生产的货物，凡属于货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税、消费税。对区内企业出口到境外或国内的货物，不予办理退税。

　　三、区内企业适用的其他税收政策

　　1、区内企业按现行有关法律法规，规章应当缴纳地方规定的各种税收。

　　2、区内的内资企业按国家现行企业所得税法依法纳税，外商投资企业比照现行有关经济技术开发区的所得税政策规定执行。

　　3、对采取弄虚作假等手段骗取退（免）税的，应按《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定予以处罚。

　　从以上税收政策看出，保税港区所适用的税收政策叠加了保税区、保税物流园区和出口加工区的政策优势，为实现我国自由流通港区的综合发展与前景开拓提供了便利。